Berkatalah mereka didalam hati masing-masing setelah merasa tenang, tenteram dan aman dari malapetaka yang nyaris melanda mereka: 

"Di manakah gerangan Yunus sekarang berada? Mengapa kami telah tunduk kepada bisikan syaitan dan mengikuti hawa nafsu, menjadikan dia meninggalkan kami dengan rasa marah dan jengkel kerana sikap kami yang menentang dan memusuhinya. Alangkah bahagianya kami andaikan ia masih berada di tengah-tengah kami menuntun dan mengajari kami hal-hal yang membawa kebahagiaan kami di dunia dan di akhirat. Ia adalah benar-benar rasul dan nabi Allah yang telah kami sia-siakan. Semoga Allah mengampuni dosa kami."

Adapun tentang keadaan Nabi Yunus yang telah meninggalkan kota Ninawa secara mendadak, maka ia berjalan kaki mengembara naik gunung turun gunung tanpa tujuan. Tanpa disadari ia tiba-tiba berada disebuah pantai melihat sekelompok orang yang lagi bergegas-gegas hendak menumpang sebuah kapal. Ia minta dari pemilik kapal agar diperbolehkan ikut serta bersama lain-lain penumpang. Kapal segera melepaskan sauhnya dan meluncur dengan lajunya ke tengah laut yang tenang. 

Ketenangan laut itu tidak dapat bertahan lama, karena tiba-tiba tergoncang dan terayunlah kapal itu oleh gelombang besar yang datang mendadak diikuti oleh tiupan angin topan yang kencang, sehingga menjadikan juru mudi kapal berserta seluruh penumpangnya berada dalan keadaan panik ketakutan melihat keadaan kapal yang sudah tidak dapat dikuasai keseimbangannya.

Para penumpang dan juru mudi melihat tidak ada jalan untuk menyelamatkan keadaan jika keadaan cuaca tetap mengganas dan tidak mereda, kecuali dengan jalan meringankan beban berat muatan dengan mengorbankan salah seorang daripada para penumpang. Undian lalu dilaksanakan untuk menentukan siapakah di antara penumpang yang harus dikorbankan. Pada tarik pertama keluarlah nama Yunus, seorang penumpang yang mereka paling hormati dan cintai, sehingga mereka semua merasa berat untuk melemparkannya ke laut menjadi mangsa ikan.

Kemudian diadakanlah undian bagi kali kedua dengan masing-masing penumpang mengharapkan jangan sampai keluar lagi nama Yunus yang mereka sayangi itu, namun melesetlah harapan mereka dan keluarlah nama Yunus kembali pada undian yang kedua itu. Demikianlah bagi undian bagi kali yang ketiganya yang disepakati sebagai yang terakhir dan yang menentukan nama Yunuslah yang muncul yang harus dikorbankan untuk menyelamatkan kapal dan para penumpang yang lain.

Nabi Yunus yang dengan telitinya memperhatikan sewaktu undian dibuat merasa bahwa keputusan undian itu adalah kehendak Allah yang tidak dapat ditolaknya yang mungkin didalamnya terselit hikmah yang ia belum dapat menyelaminya. Yunus sadar pula pada saat itu bahwa ia telah melakukan dosa dengan meninggalkan Ninawa sebelum mengenal Allah, sehingga mungkin keputusan undian itu adalah sebagai penebusan dosa yang ia lakukan itu. Kemudian ia beristikharah mengheningkan cipta sejenak dan tanpa ragu segera melemparkan dirinya ke laut yang segera diterima oleh lipatan gelombang yang sedang mengamuk dengan dahsyatnya di bawah langit yang kelam-pekat.

Selagi Nabi Yunus berjuang melawan gelombang yang mengayun-ayunkannya, Allah mewahyukan kepada seekor ikan paus untuk menelannya bulat-bulat dan menyimpangnya di dalam perut sebagai amanat Tuhan yang harus dikembalikannya utuh tidak tercedera kelak bila saatnya tiba.

Nabi Yunus yang berada di dalam perut ikan paus yang membawanya memecah gelombang timbul dan tenggelam ke dasar laut merasa sesak dada dan bersedih hati seraya memohon ampun kepada Allah atas dosa dan tindakan yang salah yang dilakukannya tergesa-gesa. 

Ia berseru didalam kegelapan perut ikan paus itu: 

"Ya Tuhanku, sesungguhnya tiada Tuhan selain Engkau, Maha sucilah Engkau dan sesungguhnya aku telah berdosa dan menjadi salah seorang dari mereka yang zalim."

Setelah selesai menjalani hukuman Allah , selama beberapa waktu yang telah ditentukan, ditumpahkanlah Nabi Yunus oleh ikan paus itu yang mengandungnya dan dilemparkannya ke darat . Ia terlempar dari mulut ikan ke pantai dalam keadaan kurus lemah dan sakit. Akan tetapi Allah dengan rahmat-Nya menumbuhkan di tempat ia terdampar sebuah pohon labu yang dapat menaungi Yunus dengan daun-daunnya dan menikmati buahnya.

Nabi Yunus setelah sembuh dan menjadi segar kembali diperintahkan oleh Allah agar pergi kembali mengunjungi Ninawa di mana seratus ribu lebih penduduknya mendamba-dambakan kedatangannya untuk memimpin mereka dan memberi tuntunan lebih lanjut untuk menyempurnakan iman dan aqidah mereka. Dan alangkah terkejutnya Nabi Yunus tatkala masuk Ninawa dan tidak melihat satu pun patung berhala berdiri. Sebaliknya ia menemui orang-orang yang dahulunya berkeras kepala menentangnya dan menolak ajarannya dan kini sudah menjadi orang-orang mukmin, soleh dan beribadah memuja-muji Allah s.w.t.

Pokok cerita tentang Yunus terurai di atas dikisahkan oleh Al-Quran dalam surah Yunus ayat 98, surah Al-Anbiaa' ayat 87, 88 dan surah Ash-Shaffaat ayat 139 sehingga ayat 148.

Pelajaran yang dapat dipetik dari kisah Nabi Yunus.

Bahwasannya seorang yang bertugas sebagai da'i - juru dakwah harus memiliki kesabaran dan tidak boleh cepat-cepat marah dan berputus asa bila dakwahnya tidak dapat sambutan yang selayaknya atau tidak segera diterima oleh orang-orang yang didakwahinya. Dalam keadaan demikian ia harus bersabar mengawal emosinya serta tetap meneruskan dakwahnya dengan bersikap bijaksana dan lemah lembut, sebagaimana firman Allah dalam surah An-Nahl ayat 125 yang bermaksud : 

"Serulah, berdakwahlah kepada jalan Tuhanmu dengan hikmah dan pengajaran yang baik dan bantahlah mereka dengan cara yang baik { sopan dan lemah lembut } ."

Di dalam diri Nabi Yunus Allah telah memberi contoh betapa ia telah menyesal atas tindakannya yang tergesa-gesa kerana kehilangan kesabaran, meninggalkan kaum Ninawa, padahal mereka masih dapat disadarkan untuk menerima ajakannya andaikan ia tidak terburu-buru marah dan meninggalkan mereka tanpa berunding lebih dahulu dengan Allah yang telah mengutusnya.

Atas pelanggaran yang telah dilakukan tanpa sadar Allah telah memberi hukuman kepada Nabi Yunus berupa kurungan dalam perut ikan paus sebagai peringatan dan pelajaran agar tidak terulang lagi setelah ia diberi ampun dan disuruh kembali ke Ninawa melanjutkan dakwahnya.